Extracción de ADN de bacterias conservadas en el banco de cepas de la Universidad Francisco de Paula Santander sede Campos Elíseos

Extracción de ADN de bacterias conservadas en el banco de cepas de la Universidad Francisco de Paula Santander sede Campos Elíseos

Actualmente, la identificación de bacterias se realiza con técnicas clásicas basadas en caracterización fenotípica a nivelmacroscópico y microscópico, sin embargo, este método no es fiable y no permite conocer la verdadera identidad delmicroorganismo en estudio. Por esta razón es necesario realizar una identificación a nivel molecular que permita conocer conseguridad el género y especie. El objetivo de este trabajo fue estandarizar el método de extracción de ADN para bacterias Gramnegativas y Gram positivas según la caracterización química, que permitió obtener ADN de buena calidad para la amplificaciónde una región específica de interés. Se evaluaron dos métodos de extracción, el protocolo de Wilson y el Kit de extracciónWizzard (Promega),... Ver más

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Respuestas

0122-820X

2422-5053

Suárez Contreras, Liliana Yanet

Yañez Meneses, Luz Francy

UNIVERSIDAD FRANCISCO DE PAULA SANTANDER

10.22463/0122820X.1496

23

2018-07-01

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28

Colombia

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S. Claassen, E. du Toit, M. Kaba, C. Moodley, H. Zar, M. Nicol, "A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples", J Microbiol Methods, vol. 94, no. 2, pp. 103-110, 2013.
G. Bou, A. Fernández, C. Garcia, J. Sáenz, y S. Valdezcate, Métodos de identificación bacteriana en el laboratorio de microbilogía. Enfermedades infecciosas y microbiología clínica, 601-608. 2011. doi:10.1016/j.eimc.2011.03.012
M. Godoy, L. Orozco, C. Hernández, O. DaMa-tac, J. De Waard, y S. González, "Identificación de micobacterias no tuberculosas: comparación de métodos bioquímicos y moleculares", Revista de la Sociedad Venezolana de Microbiología, pp. 96-104, 2008.
E. Rubio, Caracterización molecular y funcional de bacterias del género Azotobacter aisladas de suelos de la República Argentina. El rol de las auxinas en la respuesta a la inoculación de trigo. Buenos Aires: Tesis de Maestría. 2003
H. Yoshikawa, F. Dogruman-Al, F. Dogruman-Ai, S. Turk, S. Kustimur, N. Balaban, et al, "Evaluation of DNA extraction kits for molecular diagnosis of human Blastocystis subtypes from fecal samples", Parasitol Res, vol. 109, no. 4, pp. 1045-50, 2011.
D. Singka, L. Kumdhitiahutsawakul, P. Rekkriangkrai and W. Pathom-aree, "A simple method for DNA extraction from activated sludge", Chiang Mai J. Sci, vol. 39, pp. 111–118, 2012.
M.E. Gabor, E.J de Vries, D.B Janssen, "Efficient recovery of environmental DNA for expression cloning by indirect extraction methods", FEMS Microbiol. Ecol. vol. 44, pp. 153–163, 2003.
V. Ramachandran, P. Ismail, J. Stanslas and N. Shamsu-din, " Analysis of renin-angiotensin aldosterone system gene polymorphisms in Malaysian essential hypertensive and type 2 diabetic subjects. Cardiovasc" Diabetol, vol. 8, no. 11, pp. 2009.
K. Wilson, Preparation of genomic DNA from bacteria, in Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, F.M., Brent, R.,Kingston, R.E., Moore, D.D., Seidman, J.G., Smith, J.A., et al.), Wiley, New York, pp. 241.-245, 1987.
L. Alejo, M. Aragón y A. Cornejo, "Extracción y purificación de ADN. Herramientas moleculares aplicadas en ecología. 1-26 p. 2008
M. Coolen. 7000 years of Emiliania huxleyi viruses in the Black Sea. Science. 333:451-2. 2011
S. Yuan, D. Cohen, J. Ravel, Z. Abdo, and L. Forne, "Evaluation of methods for the extraction and purifi-cation of DNA from the human microbiome", PLoS ONE, 2012.
S.J. McIlroy, K. Porter, R.J Seviour and D. Tillett, "Extraction nucleic acid from activated sludge which reflect community population diversity. A. Van Leeuw". Antonie van Leeuwenhoek, vol. 96, no. 4, pp. 593–605, 2009. http://dx.doi.or-g/10.1007/s10482-009-9374-z.
L. Suárez y F. Peñaranda. Identificación molecular de los aislamientos de hongos biocontroladores conservados en el banco de cepas de la Facultad de Ciencias Agrarias y del Ambiente de la Universidad Francisco de Paula Santander. Proyecto FINU 042–2016. 2018.
R.L Meyer, A.M Saunders, and L.L Blackall, "Putative glycogen-accumulating organisms belonging to the Alphaproteobacteria identified through rRNA-based stable isotope probing", Microbiology, vol. 152, no. 2, pp. 419–429, 2006
J. Ahn, S. Schroeder, M. Beer, S. McIlroy, R.C Bayly, J.W May, G. Vasiliadis, R.J Seviour, "Ecology of the microbial community removing phosphate from wastewater under continuously aerobic conditions in a sequencing batch reactor", Appl Environ Microbiol, vol. 73, no. 7, pp. 2257–2270, 2007.
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L. Suárez y C. Cabrales, “Identificación de especies nativas de Trichoderma sp, y Bacillus. Evaluación de su potencial antagonista in vitro frente al hongo fitopatógeno nativo Moniliophthora roreri en el departamento de Norte de Santander”, Respuestas, vol. 13, no. 1, pp. 45–56, 2008.
L. Suárez, “Aislamiento e identificación de Moniliophthora roreri causante de la moniliasis en municipios del nororiente Colombiano”, Respuestas, vol. 11, no. 1, pp. 3-8, 2006.
A. Espitia, Identificación molecular mediante ITS de los fitopatógenos Fusarium sp., Alternaria sp., Rhizopus sp., Aspergillus sp., Curvularia sp., pertenecientes al banco de cepas de la Universidad Francisco De Paula Santander, Sede Campos Elíseos. Trabajo de grado. 2018.
Respuestas
Actualmente, la identificación de bacterias se realiza con técnicas clásicas basadas en caracterización fenotípica a nivelmacroscópico y microscópico, sin embargo, este método no es fiable y no permite conocer la verdadera identidad delmicroorganismo en estudio. Por esta razón es necesario realizar una identificación a nivel molecular que permita conocer conseguridad el género y especie. El objetivo de este trabajo fue estandarizar el método de extracción de ADN para bacterias Gramnegativas y Gram positivas según la caracterización química, que permitió obtener ADN de buena calidad para la amplificaciónde una región específica de interés. Se evaluaron dos métodos de extracción, el protocolo de Wilson y el Kit de extracciónWizzard (Promega), los dos métodos se diferenciaron en la cuantificación por NanoDrop y se visualizaron por medio de unaelectroforesis en gel de agarosa al 0,8% utilizando el intercalante Gel red. Según el protocolo de Wilson solo se obtuvo ADN debacterias Gram negativas de buena calidad, y la relación 260/280 en el nanodrop (1,8-2). Mientras que el Kit de extracciónWizzard permitió obtener ADN para bacterias Gram positivas y negativas. Se obtuvieron mejores concentraciones de ADN conel protocolo de Wilson, por otra parte no fue posible obtener ADN de bacterias Gram positivas siendo para este caso el kitWizzard un método sin limitaciones para extraer ADN de cualquier género de bacteria; a pesar de lo antes mencionado, porcostos es más conveniente el protocolo de Wilson, para extraer las bacterias Gram negativas. Palabras Claves: Ácidos nucleicos,Bacillus thurigiensis,E. coli,Microorganismos
Suárez Contreras, Liliana Yanet
Yañez Meneses, Luz Francy
23
S1
Artículo de revista
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Universidad Francisco de Paula Santander
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L. Suárez, “Extracción y purificación del ADN de Moniliophthora roreri hongo que ataca el cacao, en norte de santander”, Respuestas, vol. 10, no. 2, pp. 4-8, 2005.
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Español
Journal article
Extraction of DNA from bacteria preserved in the strain bank of the Universidad Francisco de Paula Santander head office Campos Elíseos
Currently, the identification of bacteria is done with classical techniques based on the phenotypic characterization at macroscopicand microscopic level, however, this method is not reliable and does not allow knowing the true identity of the microorganismunder study. For this reason it is necessary to carry out an identification at the molecular level that allows us to know withcertainty the genus and species. The objective of this work was to standardize a method of DNA extraction for Gram-negativeand Gram-positive bacteria according to the chemical characterization, which allowed obtaining good quality DNA for theamplification of a specific region of interest. Two extraction methods were evaluated, the Wilson protocol and the Wizzardextraction kit (Promega), the two methods were differentiated in the quantification by NanoDrop and visualized by means of a0.8% agarose gel electrophoresis using the Intercalante Gel red. According to Wilson's protocol, only DNA from Gram negativebacteria of good quality was obtained, and the ratio 260/280 in the nanodrop (1.8-2). While the Wizzard Extraction Kit allowedto obtain DNA for Gram positive and negative bacteria. Better DNA concentrations were obtained with the Wilson protocol, andit was not possible to obtain DNA from Gram positive bacteria. For this case, the Wizzard kit was an unlimited method to extractDNA of any kind, according to the reasons mentioned above, the protocol that reduces costs in the laboratory and is the mostconvenient to extract the DNA from Gram negative bacteria is the one proposed by Wilson. Keywords: Nucleic acids,Bacillus thurigiensis,E. coli,Microorganisms
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24
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G. Bou, A. Fernández, C. Garcia, J. Sáenz, y S. Valdezcate, Métodos de identificación bacteriana en el laboratorio de microbilogía. Enfermedades infecciosas y microbiología clínica, 601-608. 2011. doi:10.1016/j.eimc.2011.03.012
M. Godoy, L. Orozco, C. Hernández, O. DaMa-tac, J. De Waard, y S. González, "Identificación de micobacterias no tuberculosas: comparación de métodos bioquímicos y moleculares", Revista de la Sociedad Venezolana de Microbiología, pp. 96-104, 2008.
E. Rubio, Caracterización molecular y funcional de bacterias del género Azotobacter aisladas de suelos de la República Argentina. El rol de las auxinas en la respuesta a la inoculación de trigo. Buenos Aires: Tesis de Maestría. 2003
H. Yoshikawa, F. Dogruman-Al, F. Dogruman-Ai, S. Turk, S. Kustimur, N. Balaban, et al, "Evaluation of DNA extraction kits for molecular diagnosis of human Blastocystis subtypes from fecal samples", Parasitol Res, vol. 109, no. 4, pp. 1045-50, 2011.
D. Singka, L. Kumdhitiahutsawakul, P. Rekkriangkrai and W. Pathom-aree, "A simple method for DNA extraction from activated sludge", Chiang Mai J. Sci, vol. 39, pp. 111–118, 2012.
M.E. Gabor, E.J de Vries, D.B Janssen, "Efficient recovery of environmental DNA for expression cloning by indirect extraction methods", FEMS Microbiol. Ecol. vol. 44, pp. 153–163, 2003.
V. Ramachandran, P. Ismail, J. Stanslas and N. Shamsu-din, " Analysis of renin-angiotensin aldosterone system gene polymorphisms in Malaysian essential hypertensive and type 2 diabetic subjects. Cardiovasc" Diabetol, vol. 8, no. 11, pp. 2009.
K. Wilson, Preparation of genomic DNA from bacteria, in Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, F.M., Brent, R.,Kingston, R.E., Moore, D.D., Seidman, J.G., Smith, J.A., et al.), Wiley, New York, pp. 241.-245, 1987.
L. Alejo, M. Aragón y A. Cornejo, "Extracción y purificación de ADN. Herramientas moleculares aplicadas en ecología. 1-26 p. 2008
M. Coolen. 7000 years of Emiliania huxleyi viruses in the Black Sea. Science. 333:451-2. 2011
S. Yuan, D. Cohen, J. Ravel, Z. Abdo, and L. Forne, "Evaluation of methods for the extraction and purifi-cation of DNA from the human microbiome", PLoS ONE, 2012.
S.J. McIlroy, K. Porter, R.J Seviour and D. Tillett, "Extraction nucleic acid from activated sludge which reflect community population diversity. A. Van Leeuw". Antonie van Leeuwenhoek, vol. 96, no. 4, pp. 593–605, 2009. http://dx.doi.or-g/10.1007/s10482-009-9374-z.
L. Suárez y F. Peñaranda. Identificación molecular de los aislamientos de hongos biocontroladores conservados en el banco de cepas de la Facultad de Ciencias Agrarias y del Ambiente de la Universidad Francisco de Paula Santander. Proyecto FINU 042–2016. 2018.
R.L Meyer, A.M Saunders, and L.L Blackall, "Putative glycogen-accumulating organisms belonging to the Alphaproteobacteria identified through rRNA-based stable isotope probing", Microbiology, vol. 152, no. 2, pp. 419–429, 2006
J. Ahn, S. Schroeder, M. Beer, S. McIlroy, R.C Bayly, J.W May, G. Vasiliadis, R.J Seviour, "Ecology of the microbial community removing phosphate from wastewater under continuously aerobic conditions in a sequencing batch reactor", Appl Environ Microbiol, vol. 73, no. 7, pp. 2257–2270, 2007.
L. Suárez y C. Cabrales, “Identificación de especies nativas de Trichoderma sp, y Bacillus. Evaluación de su potencial antagonista in vitro frente al hongo fitopatógeno nativo Moniliophthora roreri en el departamento de Norte de Santander”, Respuestas, vol. 13, no. 1, pp. 45–56, 2008.
L. Suárez, “Aislamiento e identificación de Moniliophthora roreri causante de la moniliasis en municipios del nororiente Colombiano”, Respuestas, vol. 11, no. 1, pp. 3-8, 2006.
A. Espitia, Identificación molecular mediante ITS de los fitopatógenos Fusarium sp., Alternaria sp., Rhizopus sp., Aspergillus sp., Curvularia sp., pertenecientes al banco de cepas de la Universidad Francisco De Paula Santander, Sede Campos Elíseos. Trabajo de grado. 2018.
L. Suárez, “Extracción y purificación del ADN de Moniliophthora roreri hongo que ataca el cacao, en norte de santander”, Respuestas, vol. 10, no. 2, pp. 4-8, 2005.
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