Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites

Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites

Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algo... Ver más

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Luna Azul

1909-2474

López Gartner, Germán Ariel

UNIVERSIDAD DE CALDAS

2010-01-01

52

60

Colombia

Theobroma cacao L.

microsatélites

diversidad genética

fitomejoramiento

germoplasma

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Luna Azul - 2015

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spelling Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites
 McCouch, S. R. (2002). A Laboratory Manual. Rice Laboratory, Department of Plant Breeding, Cornell University, 240 Emerson Hall, Ithaca, NY 14853, USA.
 Agrocadenas. (2005). La cadena de cacao en Colombia: Una mirada global de su estructura y dinámica. Documento de trabajo, 92. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural. Observatorio de Agrocadenas Colombia. pp. 4-5.
 Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., y Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32, 314-331.
CasaLuker. (2007).GranjaLuker. http://www.casaluker.com/espanol/granjaluker.html
 Cryer, N. C., Fenn, M. G., Tumbull, C. J., y Wilkinson, M. J. (2006). Allelic size standars and reference genotypes to unify international cocoa (Theobroma cacao L.) microsatellite data. Genetic Resources and Crop Evolution, 53, 1643-1652.
 Cuatrecasas, J. (1964). Cacao and its allies a taxonomic revision of genus Theobroma. Bulletin of the United States National Museum, Smithsonian Institution, Washington, USA.
 Doyle, J. J. (1991). DNA protocols for plants. En G. Hewitt, A. W. B. Johnson, y Young, J. P. W. (Eds.), Molecular Techniques in Taxonomy (pp. 283-293). NATO ASI Series H, Cell Biology Vol. 57.
 Doyle, J. J., y Doyle, J. L. (1990). A rapid total DNA preparation procedure for fresh plant tissue. Focus, 12, 13-15.
 Girón, C., Tortolero, J., y Sánchez, P. (2007). Theobroma cacao L. (Sterculiaceae) en la región nororiental de la Isla Margarita, Estado Nueva Esparta, Venezuela. PGR NEWSLETTER-FAO-IPGRI, 138, 1-4.
 Liu, J., y Muse, S. V. (2005). Power Marker: Integrated analysis environment for genetic marker data. Bioinformatics, 21(9), 2128-2129.
 Marcano. M., Morales, S., Hoyer, M. T., Courtois, B., y Risterucci, A. M. (2009). A genomewide admixture mapping study for yield factors and morphological traits in a cultivated coca (Theobroma cacao L.) population. Tree Genetics and Genomes, 5(2), 329-337.
 Márquez, M. P. (2003). Caracterización Molecular y Morfológica de progenies de árboles plus seleccionadas dentro del “Ensayo de procedencias y progenies de Cordia alliodora” de Cenicafé-Colombia. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Agricultura Ecológica, Centro Agronómico Tropical de investigadores CATIE, Escuela de Postgrado,Turrialba, Costa Rica. 80p.
 Quiroz, J. G. (2002). Caracterización molecular y morfológica de genotipos superiores con características de cacao nacional (Theobroma cacao L.) de Ecuador. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster Scientiae, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza CATIE, Programa de Educación para el Desarrollo y la Conservación, Escuela de Postgrado, Turrialba. Costa Rica. pp. 1-132.
Español
 Sneath, P. H. A., y Sokal, R. R. (1973). Numerical Taxonomy: the principles and practice of numerical classification. San Francisco: Freeman. 573p.
 Palacio, D. (2007). Caracterización (fingerprinting) de clones de Theobroma cacao L., de interés comercial de la zona cafetera marginal baja (ZCMB) utilizando marcadores tipo fAFLP. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Ciencias Biológicas, Área Biología Molecular de Plantas, Departamento de Ciencias Biológicas, Facultad de Ciencias Universidad de los Andes, Bogotá. pp. 1-104.
 Tolares, S., Marcucci, P., y Harrond, L. (2005). Identificación genética de clones en Eucalyptus grandis utilizando Microsatélites. Instituto de Recursos Biológicos CNIA, INTA Castelar.
 Virk, P., Ford-Lloyd, B., Jackson, M., y Newbury, J. (1995). Use of RAPD for the study of diversity within plant germplasm collections. Heredity, 74, 170-179.
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Text
Luna Azul - 2015
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Publication
Artículo de revista
Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algoritmo de agrupamiento UPGMA se generó el dendrograma correspondiente. El análisis de diversidad mostró un índice de diversidad genética total de 0,6944 considerado intermedio para los materiales evaluados. La estimación de la heterocigosidad promedio fue de 0,58579 y de promedio del contenido de información polimórfica de 0,6523. En este estudio los marcadores mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 y mTcCIR12 son los más informativos y polimórficos. Se recomienda relacionar los resultados de diversidad genética con caracteres morfo- gronómicos y de patogenicidad en los distintos clones de cacao a fin de consolidar estrategias eficaces de mejoramiento y control de enfermedades.
López Gartner, Germán Ariel
Theobroma cacao L.
microsatélites
diversidad genética
fitomejoramiento
germoplasma
Núm. 32 , Año 2011 : Enero - Junio
32
application/pdf
https://revistasojs.ucaldas.edu.co/index.php/lunazul/article/view/1164
Universidad de Caldas
Luna Azul
ABSTRACT Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho- gronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control.
Molecular characterization of theobroma cacao l. Clones, by means of microsatellite molecular markers
germoplasm
phyto improvement
genetic diversity
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Theobroma cacao L
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60
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2011-01-01T00:00:00Z
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description Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron e el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algoritmo de agrupamiento UPGMA se generó el dendrograma correspondiente. El análisis de diversidad mostró un índice de diversidad genética total de 0,6944 considerado intermedio para los materiales evaluados. La estimación de la heterocigosidad promedio fue de 0,58579 y de promedio del contenido de información polimórfica de 0,6523. En este estudio los marcadores mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 y mTcCIR12 son los más informativos y polimórficos. Se recomienda relacionar los resultados de diversidad genética con caracteres morfo- gronómicos y de patogenicidad en los distintos clones de cacao a fin de consolidar estrategias eficaces de mejoramiento y control de enfermedades.
description_eng ABSTRACT Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho- gronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control.
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Luna Azul - 2015
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references  McCouch, S. R. (2002). A Laboratory Manual. Rice Laboratory, Department of Plant Breeding, Cornell University, 240 Emerson Hall, Ithaca, NY 14853, USA.
 Agrocadenas. (2005). La cadena de cacao en Colombia: Una mirada global de su estructura y dinámica. Documento de trabajo, 92. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural. Observatorio de Agrocadenas Colombia. pp. 4-5.
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CasaLuker. (2007).GranjaLuker. http://www.casaluker.com/espanol/granjaluker.html
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 Doyle, J. J. (1991). DNA protocols for plants. En G. Hewitt, A. W. B. Johnson, y Young, J. P. W. (Eds.), Molecular Techniques in Taxonomy (pp. 283-293). NATO ASI Series H, Cell Biology Vol. 57.
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 Marcano. M., Morales, S., Hoyer, M. T., Courtois, B., y Risterucci, A. M. (2009). A genomewide admixture mapping study for yield factors and morphological traits in a cultivated coca (Theobroma cacao L.) population. Tree Genetics and Genomes, 5(2), 329-337.
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 Quiroz, J. G. (2002). Caracterización molecular y morfológica de genotipos superiores con características de cacao nacional (Theobroma cacao L.) de Ecuador. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster Scientiae, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza CATIE, Programa de Educación para el Desarrollo y la Conservación, Escuela de Postgrado, Turrialba. Costa Rica. pp. 1-132.
 Sneath, P. H. A., y Sokal, R. R. (1973). Numerical Taxonomy: the principles and practice of numerical classification. San Francisco: Freeman. 573p.
 Palacio, D. (2007). Caracterización (fingerprinting) de clones de Theobroma cacao L., de interés comercial de la zona cafetera marginal baja (ZCMB) utilizando marcadores tipo fAFLP. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Ciencias Biológicas, Área Biología Molecular de Plantas, Departamento de Ciencias Biológicas, Facultad de Ciencias Universidad de los Andes, Bogotá. pp. 1-104.
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 Virk, P., Ford-Lloyd, B., Jackson, M., y Newbury, J. (1995). Use of RAPD for the study of diversity within plant germplasm collections. Heredity, 74, 170-179.
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